工程结算纠纷归被告住所地人民法院管辖。法律规定，对公民提起的民事诉讼，由被告住所地人民法院管辖；被告住所地与经常居住地不一致的，由经常居住地人民法院管辖。对法人或者其他组织提起的民事诉讼，由被告住所地人民法院管辖。

工程结算纠纷常见的七个问题

1、质量不合格、未完成工程的工程价款结算问题

2、工程变更后的工程价款结算问题

3、因工程价款计价标准或结算方式约定不明产生的结算纠纷

4、因工程量或者质量标准变化产生的结算纠纷

5、已送审价为准的结算纠纷

6、竣工决算时间的争议引发纠纷

“竣工”在实际执行过程中的情况比建设工程承包合同的“竣工”要复杂得多。承包方往往为了承揽业务，对发包方在合同中设下的“竣工”概念陷阱不加防范。一旦中招，即便合同约定的工程量履行完毕，发包方也以整体工程没有“竣工”为理由，而拒收承包方的决算报告，继而，发包方以“决算不成熟”为由拒付工程款。

7、违约的争议

无论承包方的逾期竣工，还是发包方未能提供施工进场的条件、中期擅改设计、未按进度支付进度款、建设工程材料不能及时供应从而造成停工等情形，最终都以违约金的形式反馈到工程款的结算中。

《民事诉讼法》第二十一条

对公民提起的民事诉讼，由被告住所地人民法院管辖；被告住所地与经常居住地不一致的，由经常居住地人民法院管辖。对法人或者其他组织提起的民事诉讼，由被告住所地人民法院管辖。同一诉讼的几个被告住所地、经常居住地在两个以上人民法院辖区的，各该人民法院都有管辖权。