公司转让中的债权债务纠纷，按转让协议进行处理。一般情况下，转让协议只在出让人和受让人之间有效。如公司转让已经通过公司债务人的，对公司债务人有效。公司转让经公司债权人同意的，对公司债权人有效。

一般的方式：

1、通过受让股权，成为公司股东，改组公司董事会和经理层。该模式下，交易主体是有限公司的股东，当然不会继承出让方的债权债务，但是公司的债务仍然由该公司承担。

2、购买该公司的核心资产。普通的资产买卖协议，交易的主体是该公司，只要在买卖协议中列明你购买的核心资产(如生产线、设备、厂房等)，则受让方不会继承出让方的债权债务股权转让的交易实际上就是收购企业吸收合并目标企业。