依据我国相关法律的规定，非法经营罪是由公安机关管辖的，所以非法经营罪案件是由犯罪地的公安机关负责立案侦查的。

《公安机关办理刑事案件程序规定》

第十五条刑事案件由犯罪地的公安机关管辖。如果由犯罪嫌疑人居住地的公安机关管辖更为适宜的，可以由犯罪嫌疑人居住地的公安机关管辖。

犯罪地包括犯罪行为发生地和犯罪结果发生地。犯罪行为发生地，包括犯罪行为的实施地以及预备地、开始地、途经地、结束地等与犯罪行为有关的地点;犯罪行为有连续、持续或者继续状态的，犯罪行为连续、持续或者继续实施的地方都属于犯罪行为发生地。犯罪结果发生地，包括犯罪对象被侵害地、犯罪所得的实际取得地、藏匿地、转移地、使用地、销售地。

居住地包括户籍所在地、经常居住地。经常居住地是指公民离开户籍所在地最后连续居住一年以上的地方。

法律、司法解释或者其他规范性文件对有关犯罪案件的管辖作出特别规定的，从其规定。

非法经营罪如何认定

(一)本罪的刑事违法性与其行政违法性是一致的、也就是说，非法经营者必然违反有关的工商法规、没有行政违法性就不存在刑事违法性，在我国目前行政经济法规不很健全的情况下，考察某一经膏行为是否违反国家规定，一定要把国家政策的精神吃透，对既不宜提倡、也不宜急于取缔的，要因势利导，使其向有利于社会的方向发展，不要轻易作犯罪处理。

(二)本罪在主观上要求行为人必须是出于故意，对于因不知其为非法而进行非法经营的，不认为构成本罪，而只能给予行为人以行政处罚。

(三)本罪在犯罪情节上要求情节严重的才构成犯罪，而认定情节是否严重，应以非法经营额和所得额为起点，并且要结合行为人是否实施了非法经营行为，是否给国家造成重大损失或者引起其他严重后果，是否经行政处罚后仍不悔改等来判断。