从内容结构上看，国税发[2009]88号文与2005年国家税务总局令第13号《企业财产损失税前扣除管理办法》(以下简称13号令)相类似，因此，有观点认为，国税发[2009]88号文是新税法下取代两税合一前13号令的一个新政策。这个说法其实并不恰当。两税合一前，内、外资企业财产损失的税前扣除分别适用不同政策：外资企业根据国税发[2004]80号文《关于取消及下放外商投资企业和外国企业以及外籍个人若干税务行政审批项目的后续管理问题的通知》，取消了财产损失所得税前扣除的审批，而改为事后报送相关资料的备案管理方式;13号令则只适用于内资企业的财产损失税前扣除管理。财税[2009]57号文与国税发[2009]88号文则适用于两税合一后我国境内包括内、外资企业在内的所有企业所得税纳税人。

虽然国税发[2009]88号文与13号令适用范围不同，但由于两者在内容结构上较为接近，所以以下笔者也主要就这两个文件作比较分析。