依据我国相关法律的规定，强奸案件检察院不起诉的情形包括犯罪超过追诉时效、经特赦令免除刑罚、侦查后证据不足等。

《中华人民共和国刑事诉讼法》

第十六条有下列情形之一的，不追究刑事责任，已经追究的，应当撤销案件，或者不起诉，或者终止审理，或者宣告无罪：

(一)情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪的；

(二)犯罪已过追诉时效期限的；

(三)经特赦令免除刑罚的；

(四)依照刑法告诉才处理的犯罪，没有告诉或者撤回告诉的；

(五)犯罪嫌疑人、被告人死亡的；

(六)其他法律规定免予追究刑事责任的。

第一百七十五条人民检察院审查案件，可以要求公安机关提供法庭审判所必需的证据材料；认为可能存在本法第五十六条规定的以非法方法收集证据情形的，可以要求其对证据收集的合法性作出说明。

人民检察院审查案件，对于需要补充侦查的，可以退回公安机关补充侦查，也可以自行侦查。

对于补充侦查的案件，应当在一个月以内补充侦查完毕。补充侦查以二次为限。补充侦查完毕移送人民检察院后，人民检察院重新计算审查起诉期限。

对于二次补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，应当作出不起诉的决定。

一、认定强奸罪的中的特殊问题

1、与女精神病患者发生性关系的行为认定。司法实践中，女精神病患者因其缺乏正常的认知能力，即使经过其同意，也应该当认定为犯罪。间歇性女精神病患者在精神正常期间，经过本人同意与之发生性关系的，不构成本罪。

2、利用职权的强奸与相互利用的通奸界限。其实这个问题的关键点还是在于“是否违背妇女意志“.在司法实践中，经常会遇到这种案件，这个问题要根据案情来分，不能一概而论。区分罪与非罪的关键点就在于行为人是否利用职权进行胁迫，能够使得女性不敢反抗或不能反抗。

3、违背妇女意志与“半推半就“的界限。半推半就是一种犹豫不决的心理，既有不同意的表示，也有同意的表示，可能表现为违心的允诺、委屈的许可、无奈的顺从、被迫的同意等矛盾心理，判断行为的行为是否符合强奸罪的构成，应当从行为人和妇女心理入手，并根据案发时以及前后具体情况分析。