挂靠公司开具了发票，施工单位承担了增值税，甚至承担了附加税费，但是还有企业所得税，需要双方协商好。

根据《国家税务总局关于印发征收管理暂行办法>的通知》：

一、从事建筑安装业的工程承包人、个体户及其他个人为个人所得税的纳税义务人。其从事建筑安装业取得的所得，应依法缴纳个人所得税。

二、关于具体征收方式，对未设立会计账簿，或者不能准确、完整地进行会计核算的单位和个人，主管税务机关可根据其工程规模、工程承包合同（协议）价款和工程完工进度等情况，核定其应纳税所得额或应纳税额，据以征税。而具体核定办法由县以上（含）县级税务机关制定。