申请司法鉴定时间不计入案件审理时限，这是有明确法律规定的。

《最高人民法院关于严格执行案件审理期限制度的若干规定》，该规定第九条，因当事人、诉讼代理人、辩护人申请通知新的证人到庭、调取新的证据、申请重新鉴定或者勘验，法院决定延期审理一个月之内的期间；民事、行政案件公告、鉴定的期间，不计入审理、执行期限。对犯罪嫌疑人作精神病鉴定的期间不计入办案期限，而对被害人作精神病鉴定的期间，则应当计入办案期限。

这是因为：

1、如果对被害人作精神病鉴定或伤情鉴定的结果决定案件的性质，如在被害人自愿的情况下与其发生性关系，如果被害人当时患有精神病，则可以确定犯罪嫌疑人涉嫌强奸，反之，如果被害人当时未患精神病，则不是被强奸，就没有犯罪事实发生，如果此时对所谓的犯罪嫌疑人采取刑事强制措施，则是违法的，不存在精神病鉴定期间是否计入办案期限问题。

2、如果对被害人作精神病鉴定或伤情鉴定的结果不能决定案件性质，则对被害人作精神病鉴定或伤情鉴定不影响案件的办理，对犯罪嫌疑人采取强制措施的，应当将对被害人作精神病鉴定或伤情鉴定的期间计入办案期限。

对于对被害人作精神病或伤情鉴定等时间较长，办案期限届满仍不能终结的案件，不应继续将犯罪嫌疑人关押，而应自期限届满之日起，对被羁押的犯罪嫌疑人变更强制措施，改为取保候审或者监视居住。