1、对侵犯著作权的案件，主管著作权的部门可以通过以下方工进行调查：

(1)可以询问有关当事人，调查与涉嫌违法行为有关的情况；

(2)对当事人涉嫌违法行为的场所和物品实施现场检查；查阅、复制与涉嫌违法行为有关的合同、发票、账簿以及其他有关资料；

(3)对于涉嫌违法行为的场所和物品，可以查封或者扣押。

2、法律依据：《中华人民共和国著作权法》

第五十五条

主管著作权的部门对涉嫌侵犯著作权和与著作权有关的权利的行为进行查处时，可以询问有关当事人，调查与涉嫌违法行为有关的情况；对当事人涉嫌违法行为的场所和物品实施现场检查；查阅、复制与涉嫌违法行为有关的合同、发票、账簿以及其他有关资料；对于涉嫌违法行为的场所和物品，可以查封或者扣押。

主管著作权的部门依法行使前款规定的职权时，当事人应当予以协助、配合，不得拒绝、阻挠。

一、侵犯著作权的民事责任

侵犯著作权的民事责任，是指依据著作权法和民法典的规定，依靠国家强制力使侵犯他人著作权的不法行为人承担以弥补和补偿侵权损害为目的法律责任。侵犯著作权的民事责任形式有以下几种：

(1)停止侵害。停止侵害，是指行为人正在实施著作权侵权行为，权利人有权请求法院判令行为人立即停止其不法行为。

(2)消除影响、公开赔礼道歉。此项民事责任形式主要适用于对著作人身权的损害。消除影响的范围一般与侵权造成影响的范围相一致。公开赔礼道歉的形式可以口头、书面或者在报刊上登载致歉声明等，范围也应当与侵权的情节程度相适应。在通常情况下，消除影响与赔礼道歉合并使用。

(3)赔偿损失。主要适用于对著作财产权的侵犯。但对著作人身权的损害，适用其他民事责任形式不足以平复权利人损害与制裁不法行为人的，也可以适用赔偿的民事责任形式。赔偿的范围一般以权利人实际受到的损失为准，对权利人受到的损失不法行为人应当全部赔偿。在权利人受到的损失不易计算的情况下，也可以将侵权人的不法获利作为权利人的损失额进行赔偿。