药店加盟合同书内容有甲乙合作方的一些基本的信息，以及具体的加盟费，加盟时间，加盟地点和违约责任承担作出约定，具体发生纠纷的时候如下处理：

1、合同纠纷处理，要么退出，要么继续。

2、无论退出还是继续，仍应按照合同追究违约责任。

3、纠纷的处理，根据不同的情况，不同的选择，不同的处理方式。

二、合同纠纷有什么解决方式？

1、和解。和解是由争议各方根据合同约定的违约责任和各方实际情况，自行协商而不需通过司法程序解决纠纷的方式。和解是纠纷常见的解决方式。但由于和解协议缺乏的法律约束力，有些人可能会出尔反尔，使和解结果成为一纸空文，延误了纠纷的有效解决。

2、调解。调解是由争议各方选择信任的第三方居中，就合同争议进行调解处理。调解通常是以各方互谅互让为原则进行。此方法解决纠纷的可能性较和解大一些，但由于调解协议与和解协议一样不具有强制性效力，也使得纠纷的解决难尽人意。

3、仲裁。仲裁指争议各方根据合同中的仲裁条款或者纠纷发生以后达成的仲裁协议，将争议提交法定的仲裁机构，由仲裁机构依据仲裁规则居间进行居中调解，依法做出裁定的方式。当事人不愿和解、调解或者和解、调解不成的，可以根据仲裁协议向仲裁机构申请仲裁。并可根据生效的仲裁协议申请强制执行。

4、诉讼。诉讼是解决合同争议的最后方式。是指人民法院根据争议双方的请求、事实和法律，依法做出裁判，藉此解决争议的方式。当事人没有订立仲裁协议或者仲裁协议无效的，可以向人民法院起诉。