1、宅基地使用权证遗失的，对房屋不失去使用权。

2、房屋所有人可以向不动产登记机构申请补办宅基地使用权证。

3、法律依据：《不动产登记暂行条例实施细则》第二十二条不动产权属证书或者不动产登记证明污损、破损的，当事人可以向不动产登记机构申请换发。符合换发条件的，不动产登记机构应当予以换发，并收回原不动产权属证书或者不动产登记证明。

不动产权属证书或者不动产登记证明遗失、灭失，不动产权利人申请补发的，由不动产登记机构在其门户网站上刊发不动产权利人的遗失、灭失声明15个工作日后，予以补发。

不动产登记机构补发不动产权属证书或者不动产登记证明的，应当将补发不动产权属证书或者不动产登记证明的事项记载于不动产登记簿，并在不动产权属证书或者不动产登记证明上注明“补发”字样。

一、农村宅基地灭失后应怎样处理

宅基地一般情况下是不会灭失的，在当事人是指地上的建筑物已经自然损坏，不能利用的前提下，当事人可以在一定的时限内重新提出申请使用该宅基地，可以在原址上建房；否则超过一定的时限的，该宅基地使用权是会由原集体收回的，但是当事人符合一户一宅政策，并且是当地的集体经济组织成员的，可以另行申请宅基地使用权。

根据民法典第三百六十四条规定，宅基地因自然灾害等原因灭失的，宅基地使用权消灭。对失去宅基地的村民，应当重新分配宅基地。

本条是关于宅基地灭失后重新分配问题的规定。本条主要包括三个层次：

1、重新分配宅基地的客观原因是自然灾害导致宅基地的灭失。

2、可以享受重新分配宅基地的权利人应当是因此而丧失宅基地的集体成员。

3、重新分配宅基地应当按照国家有关规定，注意节约利用和保护耕地。