新的《中华人民共和国税收征收管理法》实施以来，特别是通过近年来征管改革的不断深化和税收信息化程度的普遍提高，各级税务机关在探索建立以专业化稽查和各环节分工制约为标志的新型稽查体系方面取得了积极的成效，稽查在查处偷逃税行为、打击涉税犯罪、提高征管质量、促进依法治税等方面发挥了积极的作用。但是客观上讲，由于受到认识、体制、手段、人员素质等多方面因素的制约，在突出打击性税务稽查上仍有许多不足之处。

1、税务稽查的重中之重的地位还未得到认可。虽然也讲重点稽查，但由于相当一部分人的思想观念还未能完全从传统的税收征管模式转变过来，过分强调征收单位的作用，忽视了税务稽查的威慑力，安于现状，不敢大胆对税务稽查进行改革，瞻前顾后，仍沿用旧的征管模式，稽查部门承担了与其职能不相符的大量管理性工作，不少地区的稽查部门将主要精力用于日常稽查和管理性检查，甚至漏征漏管户、滞纳欠税户、汇算清缴户的检查，至今还有对税务稽查下稽查任务的传统做法。据有关人士估计，目前稽查部门真正用于对重大偷逃税案件查处的精力还不到全部精力的20%，稽查职能资源被大大浪费。

2、稽查选案不规范，还没有一套切实可行的操作办法。目前税务稽查案件的来源除了举报案件外，一是靠以往的稽查经验来确定稽查对象，二是在进行专项稽查时，出于对某个行业或某项政策的税收清理的需要，在该行业或涉及该政策的纳税人中普遍确定稽查对象，三是税务稽查工作围绕收入任务，只注重纳税大户，而忽视缴税小户，。具有科学性的计算机选案由于缺乏必要的信息基础，基本没有做到。选案环节的准确性低，针对性差，效率不高，影响了稽查对税收违法犯罪行为的针对性，严重浪费了稽查力量。

3、一些案件的查处未予查深查透，稽查效果不明显，打击的力度还不够深。由于税务稽查部门本身执法权限和税收政策的局限性，以及经费、设备等客观原因的限制，目前大多数的稽查部门虽然查处了大量的涉税案件，但有些案件未能查深查透，致使查处时间较长，但取得的效果不大，有些即使查出问题却处罚难、执行难，难以形成具有典型教育意义的大案要案。某国税稽查局在2006年3月份查处了所辖一企业，当初步查明该企业涉嫌偷税100多万元时，金融部门害怕企业破产收不回贷款，当即对企业进行了查封扣押，税务稽查从查处到结案需要一段时间，当税务稽查结案时，企业只剩下一个空壳企业，造成国家税款难以执行。

4、税务稽查与税务管理性检查衔接不强，执法缺乏公正性和严肃性。突出表现在多头稽查、重复稽查的现象较为普遍，往往出现一项检查刚完，专项检查又来了，管理性检查刚完，专案稽查又来了的现象，纳税人不堪其扰；稽查对象的选择上缺乏标准，对经济效益好的企业往往稽查较多，对经济效益差的企业稽查较少，使检查失去了公正性，加上个别稽查人员执法随意、以言代法现象的存在，严重影响了税务稽查在社会公众中的形象。同时，由于税务稽查对证据资料的收集缺乏统一的标准，造成了对同一个纳税人的检查，稽查人员收集的证据不尽相同，由于证据的详细程度不同，往往会得出不同的稽查结果。比如：对某企业纳税人进行检查，该企业账面处理符合税收制度的要求，A检查组认为需要检查账外资料，注重对账外资料的收集，从而查出一系列偷税证据；而B检查组认为对企业查账查账，就账查账，从而未发现偷税问题（抛开其它因素的影响）。作为税务机关来讲，虽然得出两种结论，但B检查组也无过错，该企业账面处理正常，也没有哪条哪款规定对每个纳税人都要检查账外资料，况且还有查到查不到的问题，这些都使税务稽查的严肃性受到考验。

5、税务稽查处罚力度小，威慑作用还不够大。在西方一些税务稽查效能较高的国家，纳税人一听说税务稽查人员要找上门来，往往会十分紧张，这说明这些国家的税务稽查具有很强的震慑力。而在我国，税收违法行为比较普遍，由于处罚力度的限制，纳税人对税务稽查人员上门检查不以为然，偷税甚至在少数纳税人眼中是精明能干行为。据一线税务稽查人员称，一些涉税违法犯罪份子，对一些已经确凿的证据，在税务人员对其进行询问时，他能舌生莲花，乱说一通，怎么好怎么说；但当公安人员对其进行询问时，他则如实反映，经常造成税务与公安检查结果的不一致。对于那些屡查屡犯的纳税人，稽查也未对他们的违法行为起到强有力的威慑作用。特别是一些典型的案件，曝光遇到阻力，这些都严重削弱了税务稽查的威慑力量。

6、税务稽查信息化水平不高，信息畅通还没有真正实现。一是受企业财会软件开发应用程度的影响。特别是许多企业成本核算全是手工记账或自制软件，税务稽查软件变成了高射机枪打蚊子。二是税务机关本身对计算机协查运用不到位。现行的协查只能是增值税专用票的网上协查，而对所谓四小票，即废旧物资销售发票、海关完税证、运输发票、农副产品收购凭证的协查，只能通过手工发函的形式，造成回函时间长或干脆没有回函的现象，影响稽查质量。三是国、地税两套机构的设置，造成信息不流畅。有的企业增值税在国税管辖，而企业所得税在地税管辖，增值税被国税查处后，有的甚至已被移送公安处理，但对不符合规定的发票，由于分属两个部门，信息未及时传递，地税机关未作所得税方面的处理。而对于相同企业，其增值税、企业所得税都在国税机关管辖，国税机关对两方面都可进行处理，从而造成对相同企业的处理不相同。