一、违约金的赔偿是否可以由双方自行协商

可以，但是违约金不能超过实际损失的30％。

《民法典》第五百八十五条【违约金】

当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。约定的违约金低于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以增加；约定的违约金过分高于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以适当减少。当事人就迟延履行约定违约金的，违约方支付违约金后，还应当履行债务。

二、违约金是否属于主债务

违约金不属于主债务。

主债务是相对于担保、保证等债务来说的，而违约金是基于合同违约而产生的从债务，所以主债务不包括违约金。

《中华人民共和国民法典》第五百六十一条【费用、利息和主债务的抵充顺序】

债务人在履行主债务外还应当支付利息和实现债权的有关费用，其给付不足以清偿全部债务的，除当事人另有约定外，应当按照下列顺序履行：

1．实现债权的有关费用；

2．利息；

3．主债务。

三、起诉违约金的条件有哪些

根据法律规定，起诉必须符合下列条件：

1．原告是与本案有直接利害关系的公民、法人和其他组织；

2．有明确的被告；

3．有具体的诉讼请求和事实、理由；

4．属于人民法院受理民事诉讼的范围和受诉人民法院管辖。

《中华人民共和国民法典》：第七章　合同的权利义务终止　　第五百六十一条　债务人在履行主债务外还应当支付利息和实现债权的有关费用，其给付不足以清偿全部债务的，除当事人另有约定外，应当按照下列顺序履行：\n（一）实现债权的有关费用；\n　　（二）利息；\n（三）主债务。