1.B2B电子支付要求更高的安全性

网上支付的安全问题一直是企业和个人用户关注的焦点。B2B的网络支付结算是企业对企业的大金额网络支付结算，操作较为繁复，因此交易风险较大，B2B电子商务对交易资金的安全级别要求比B2C、C2C要高的多。尤其企业在考虑选择第三方支付平台时，其非金融组织的身份，使它在企业中的可信度还不够。

2.B2B电子支付要求更快的周转速度

目前，很多第三方支付服务机构开展了在线支付、电子钱包等支付手段，但基本模式都是付款方的资金先转入第三方支付服务机构的账户或者电子钱包，然后卖方发货。只有在卖方的货物被买方收到并验货认可后，资金的清算才可以正式进行，货款由第三方支付服务机构转给收款方，但从发货、收货到验货有较长的周期，买方的货款被滞留在第三方支付服务机构，这种模式的收付速度难以达到B2B电子商务的要求。尤其是规模不是很大的电子商务企业，实力较弱，对流动资金有很高的需求，他们无法接受资金滞留。

3.B2B电子支付要求三流更高的协调性

物流、资金流和信息流是电子商务的三要素。网上下单、网上支付并在网上指定配送方式，才构成一个完整统一的电子商务体系。企业开展B2B电子商务业务时，会产生大量订单。如何通过电子支付实现资金流和订单/信息流的统一，从而便利收款企业的对账发货，也是企业非常现实的需求。对于B2B电子支付而言，并不仅仅是在网上进行一次付款便完成了的事情，它背后将涉及到的是物流、库存、信息流等的对接。

第三方支付网关无法对网上交易的货物进行监督，也就不能为买家保证货物的安全，在资金监管、信息流的提供等方面都有不足，在B2B电子支付过程中，发展将更艰难。

除此之外，电子支付相关法律法规还不健全，并且电子支付渠道不统一，目前银行之间还不可能互相提供接口。