企业分立中的税收利益主要体现在两个方面：一是在流转税中，一些特定产品是免税的，或者适用的税率较低，这类产品在税收核算上有独立核算的特殊要求，而企业往往由于种种原因不能满足这些核算要求而丧失了税收上的一些利益。如果将这些特定产品的生产部门分立为独立的企业，就会获得流转税免税或税负降低的好处。二是当企业所得税采用累进税率时，通过分立可以使原本适用高税率的企业，分化成两个或者两个以上适用低税率的企业，从而降低企业的总体税负。

从流转税方面来看，各税种减免税的特定项目都有一定的筹划空间。例如，《增值税暂行条例》规定避孕药品和用具、古旧图书等8种货物免征增值税。相应的，用于这些免税项目的购进货物或应税劳务的增值税进项税额不能从销项税额中抵扣。如果纳税人既经营免税项目的产品，又经营应税项目的产品，就必须准确划分不得抵扣的增值税进项税额，以及单独核算应税项目的销售额和免税项目的销售额，否则，不能享受免税待遇。