司法拍卖的车辆有抵押的，法院可以对车辆进行拍卖，但拍卖所是的款项优先偿还质权人的债权，然后再偿还其他债权。《最高人民法院关于人民法院执行工作若干问题的规定(试行)》人民法院对被执行人所有的其他人享有抵押权、质押权或留置权的财产，可以采取查封、扣押措施。财产拍卖、变卖后所得价款，应当在抵押权人、质押权人或留置权人优先受偿后，其余额部分用于清偿申请执行人的债权。

一、拍卖价款的清偿顺序是怎样的

《民法典》第四百一十四条【数个抵押权的清偿顺序】，同一财产向两个以上债权人抵押的，拍卖、变卖抵押财产所得的价款依照下列规定清偿：

（一）抵押权已经登记的，按照登记的时间先后确定清偿顺序；

（二）抵押权已经登记的先于未登记的受偿；

（三）抵押权未登记的，按照债权比例清偿。

《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民事诉讼法〉的解释》第五百零八条的规定，被执行人为公民或者其他组织，在执行程序开始后，被执行人的其他已经取得执行依据的债权人发现被执行人的财产不能清偿所有债权的，可以向人民法院申请参与分配。

对人民法院查封、扣押、冻结的财产有优先权、担保物权的债权人，可以直接申请参与分配，主张优先受偿权。

二、多个债权人执行的先后顺序是如何规定的

按先后顺序，多份生效法律文书确定金钱给付内容的多个债权人分别对同一被执行人申请执行，各债权人对执行标的物均无担保物权的，按照执行法院采取执行措施的先后顺序受偿。有多个担保物权的，按照各担保物权成立的先后顺序清偿。

多个债权人申请财产保全的，按申请的先后顺序，轮候查封、扣押、冻结财产。查封、扣押、冻结解除的，登记在先的轮候查封、扣押、冻结即自动生效。也就是按照申请先后顺序采取财产保全，不得重复财产保全。

其他人民法院对已登记的财产进行轮候查封、扣押、冻结的，应当通知有关登记机关协助进行轮候登记，实施查封、扣押、冻结的人民法院应当允许其他人民法院查阅有关文书和记录。

其他人民法院对没有登记的财产进行轮候查封、扣押、冻结的，应当制作笔录，并经实施查封、扣押、冻结的人民法院执行人员及被执行人签字，或者书面通知实施查封、扣押、冻结的人民法院。

同一财产向两个以上债权人抵押的，拍卖、变卖抵押财产所得的价款依照下列规定清偿：

1、抵押权已经登记的，按照登记的时间先后确定清偿顺序；

2、抵押权已经登记的先于未登记的受偿；

3、抵押权未登记的，按照债权比例清偿。