二者的基本共同点都在于均属于有组织的犯罪集团，并且在犯罪的目的、组织结构、行为方式等诸多方面有相似之处。但二者也有区别。其根本区别是程度上的差异。黑社会组织，是一种组织更为严密，犯罪活动更为严密有序，把犯罪作为一种职业的有组织犯罪集团。而黑社会性质组织，在组织形式上还没有真正意义上的黑社会组织那样严密，在结构、功能和运转管理等方式上还有差异，黑社会犯罪的特征还不典型、不明显。不典型，即是它还不能向黑社会那样对一个区域形成完整的控制和严格的组织体系；不明显，即是它所从事的违法犯罪活动一般较为隐蔽，还不能象国外的黑社会犯罪那样公开化。因此，如果说黑社会组织是有组织犯罪的高级形态，那么黑社会性质组织犯罪则是有组织犯罪的初级形态，黑社会性质犯罪是向黑社会犯罪过渡的一个中间环节，是黑社会的雏形，己经具有了黑社会犯罪的某些痕迹和性质。近年来在我国社会生活中出现的主要还是具有黑社会性质的组织，并非是典型的、完整的黑社会组织。所以，在认定上，对黑社会性质组织就不能以黑社会的标准来衡量与苛求。