(1)客体不同。非法行医罪侵犯的客体是国家对医疗机构的管理制度和公众的生命健康安全，后者侵犯的客体是市场管理秩序，一般并不侵犯公民的生命健康权利。

(2)客观方面不同。非法行医罪表现为非法从事医疗活动，而后者表现为非法从事医疗活动以外的其他经营活动。

(3)主体不同。非法行医罪的主体是特殊主体，即通常具备一定的医学知识但未取得医生执业资格的人，而后者的主体是一般主体。

《刑法》

第三百三十六条【非法行医罪】未取得医生执业资格的人非法行医，情节严重的，处三年以下有期徒刑、拘役或者管制，并处或者单处罚金；严重损害就诊人身体健康的，处三年以上十年以下有期徒刑，并处罚金；造成就诊人死亡的，处十年以上有期徒刑，并处罚金。

第二百二十五条【非法经营罪】违反国家规定，有下列非法经营行为之一，扰乱市场秩序，情节严重的，处五年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处违法所得一倍以上五倍以下罚金；情节特别严重的，处五年以上有期徒刑，并处违法所得一倍以上五倍以下罚金或者没收财产：

(一)未经许可经营法律、行政法规规定的专营、专卖物品或者其他限制买卖的物品的；

(二)买卖进出口许可证、进出口原产地证明以及其他法律、行政法规规定的经营许可证或者批准文件的；

(三)未经国家有关主管部门批准非法经营证券、期货、保险业务的，或者非法从事资金支付结算业务的；

(四)其他严重扰乱市场秩序的非法经营行为。