1、二审刑事案件中，有多名被告人的案件，部分被告人的犯罪事实不清、证据不足或者有新的犯罪事实需要追诉的，按以下情形处理：

(1)、第二审人民法院根据案件情况，可以对该部分被告人分案处理，将该部分被告人发回原审人民法院重新审判；

(2)、原审人民法院重新作出判决后，被告人上诉或者人民检察院抗诉，其他被告人的案件尚未作出第二审判决、裁定的，第二审人民法院可以并案审理

2、法律依据：《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国刑事诉讼法〉的解释》第四百零四条

一、什么是刑事诉讼的二审

第二审程序，又称上诉审程序，是指第二审人民法院根据上诉人的上诉或者人民检察院的抗诉，对第一审人民法院尚未发生法律效力的判决或裁定进行审理时所应遵循的步骤和方式、方法。

(一)上诉

上诉是指上诉权主体上诉期内不服地方各级人民法院尚未发生法律效力的第一审判决或者裁定，要求上一级人民法院对案件重新进行审判的诉讼活动。上诉既可以通过原审人民法院提出，也可以直接向第二审人民法院提出。

(二)抗诉

抗诉是指地方各级人民检察院认为同级人民法院第一审尚未发生法律效力的判决或者裁定确有错误时，提请上一级人民法院进行第二次审判的诉讼活动。

抗诉应以书面形式，即必须制作抗诉书。地方各级人民检察院对同级人民法院第一审判决、裁定的抗诉，应当通过原审人民法院提出抗诉书，并将抗诉书副本连同案件材料报送上一级人民检察院。

(三)二审的审判范围和全面审查原则

第二审人民法院应当就第一审判决认定的事实和适用法律进行全面审查，不受上诉或者抗诉范围的限制。共同犯罪的案件只有部分被告人上诉的，应当对全案进行审查，一并处理。

(四)二审法院应实行上诉不加刑原则

第二审法院审理被告人或者其法定代理人、辩护人、近亲属上诉的案件，不得加重被告人的刑罚。人民检察院提出抗诉或者自诉人提出上诉的，不受前款规定的限制。