对方公司欠账，债权人把该公司还有它的总公司一并告上了法庭，这些债务到底由该分公司还是由总公司还？分公司不能偿还债务时，总公司清偿剩下的债务，因为分公司由总公司亲自设立，本身没有独立法人的资格，因此总公司要对分公司不能清偿的部分承担责任。

分公司的债务按照以下步骤来清偿：

首先，用分公司的财产来清偿。虽然分公司不具备法人资格，但它是总公司依法设立并领取营业执照，具有一定的组织机构和财产，需要对自身的债务承担责任。

然后，分公司的财产无法清偿所有债务的，由总公司清偿剩下的部分。分公司的财产也是总公司财产的一部分，分公司在管理财产范围内承担责任实质上也是总公司承担责任，分公司的财产不足以清偿其债务的，就要总公司对其分公司债务承担补充责任。

根据债务金额大小选择被告

在小额诉讼中，将分公司列为被告，只要得到总公司的授权或者认可，分公司管理的财产又足以承担民事责任时，不需将总公司列为共同被告。

只有当债权数额巨大或者较大时分公司管理的财产不足以承担民事责任，或者所产生的争议较为复杂，超出了分公司处置的权限时，需要将公司列为共同被告。

分公司债务先由分公司来清偿，当分公司不能完全清偿时，由总公司偿还剩下的债务。债权人在提起诉讼时，根据债务金额大小选择被告，一般涉及金额较小，分公司的财产可以用来清偿的，就只需要将分公司列为被告。对于复杂的债务纠纷，建议咨询公司债务专业律师了解更具体的处理方法，如有需要可在文章右侧栏查找合适的律师。