公司的合同专用章丢失的处理办法为丢失合同专用章的当事人可以向公安机关申请重新由有资质的印章刻制单位刻制，并在报纸上公告。除当事人另有约定外，当事人可以暂时先使用签名或者按指印等签字的方式签订合同。

法律依据：

《民法典》第一百四十三条

具备下列条件的民事法律行为有效：

（一）行为人具有相应的民事行为能力；

（二）意思表示真实；

（三）不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗。

一、租房合同怎样才能生效

当合同双方当事人具有民事行为能力，意思表示真实，并且租房合同的内容不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，并经双方当事人签字确认时，该租房合同即为生效。《民法典》第一百四十三条【民事法律行为有效的条件】具备下列条件的民事法律行为有效：(一)行为人具有相应的民事行为能力;(二)意思表示真实;(三)不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗。

二、没有签字但按了手印的合同是否有效？

没有签字但按了手印的合同是有效的，但是必须具备合同生效的要件。根据《民法典》第一百四十三条规定，具备下列条件的民事法律行为有效：（一）行为人具有相应的民事行为能力；（二）意思表示真实；（三）不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗。第四百九十条第一款规定，当事人采用合同书形式订立合同的，自当事人均签名、盖章或者按指印时合同成立。在签名、盖章或者按指印之前，当事人一方已经履行主要义务，对方接受时，该合同成立。