按部门可以分为五大类：

1、是刑事申诉检察部门办理的。

2、是控告检察部门负责办理的。

3、是由侦查监督部门负责办理的。

4、是由公诉机关或未成年人犯罪检察部门负责办理的。

5、是由监所部门负责办理的情形。

可以按照对应的部门进行申诉。

《刑事诉讼法》第二百四十一条

当事人及其法定代理人、近亲属，对已经发生法律效力的判决、裁定，可以向人民法院或者人民检察院提出申诉，但是不能停止判决、裁定的执行。