如果在侦查阶段，公安认为证据不足的话就会直接撤销案件。

如果在检察院审查起诉阶段，检察院会建议公安撤回案件，检察院也可以直接做不起诉处理。

如果在法院审判阶段，法院可以判处无罪。

审查立案阶段从严格意义上讲，自诉案件在审查立案阶段尚未进入刑事诉讼程序，对于被害人(或起诉人)向人民法院提起刑事自诉，人民法院经审查后，发现证据不足作何处理。

虽然刑事诉讼法及相关司法解释未作明文规定，但是，人民法院应和审查民事、行政案件立案时一样，应当作出不予受理的书面裁定，以对被害人(或起诉人)的起诉权作出积极明确的否定评价。

立案后至开庭前阶段自诉案件在此阶段已经进入刑事诉讼程序，但尚未进入案件实体审理阶段。

自诉案件开庭审判应当同时具备犯罪事实清楚、有足够的证据两个条件。

而对于证据不足的自诉案件，是不具备开庭审理条件的，显然人民法院不应开庭审理，而应责令自诉人限期补充证据，在自诉人补证不足的情况下，应当说服自诉人撤回自诉或者裁定驳回自诉人的自诉。

开庭后至宣判阶段自诉案件在此阶段已经进入案件实体审理环节。

证据不足，不能认定被告人有罪的，应当作出证据不足、指控的犯罪不能成立的无罪判决。

证据不足，不能认定被告人有罪的，应当以证据不足，指控的犯罪不能成立，判决宣告被告人无罪。

依照上述法律及司法解释的规定可以看出，自诉案件一旦经过开庭进入实体审理阶段，人民法院发现证据不足，应当依法对被告人作出实体判决，以证据不足判决宣告被告人无罪，而不能裁定驳回自诉人的自诉。

当然，自诉人在宣告判决前，可以同被告人自行和解或者撤回自诉。

当事人去跟法院起诉后，法院虽然是已经立案了，但是在立案后发现该案件的证据是非常有限的。

面对案件已经立案了却出现了证据不足的情况，很多人也觉得这类的案件在处理起来也是会比较棘手。

在起诉他人的时候最好是能够有充分的证据，不然等将来庭审的时候发现证据不足的话也很难让案件审判进行下去。