一、部门管辖

1、公诉部门管辖。《人民检察院复查刑事申诉案件规定》第6条规定：“起诉部门管辖不服人民法院死刑终审判决、裁定尚未执行的申诉。”具体实践为：判处死刑立即执行的判决、裁定从核准生效后到实际执行前尚有7天时间，在核准生效后和实际执行前提出的申诉，由公诉部门管辖;而实际执行后的申诉则由控申部门管辖。不服终审判处死刑缓期二年执行的判决或裁定的申诉，在核准前提出的应由公诉部门管辖。死刑缓期二年执行的判决或裁定一经核准，则立即生效并应立即执行，核准后不服提出的申诉则应由控申部门管辖。

2、监所部门管辖。《关于办理服刑人员刑事申诉案件有关问题的通知》明确规范了监所部门在监管场所接到服刑人员申诉的办理方式。即监所部门接到服刑人员及其法定代理人、近亲属提出的刑事申诉后，应当进行认真审查。对于经审查申诉理由不成立，原审判决或者裁定正确的，应当将审查结果答复申诉人，并做好息诉工作;对于经审查，认为原判决或者裁定有错误可能，需要检察院立案复查的，应当移送作出原生效判决或者裁定的人民法院的同级检察院控申部门办理。

3、控申部门管辖。当事人及其法定代理人、近亲属不服人民法院已经发生法律效力的刑事判决、裁定的申诉和不服人民检察院诉讼终结的刑事处理决定的申诉均由控申部门管辖。具体为：

(1)不服检察院不批准逮捕决定的申诉;

(2)不服检察院不起诉决定的申诉;

(3)不服检察院撤销案件决定的申诉;

(4)不服《刑事诉讼法》修改前检察院作出的免予起诉决定的申诉;

(5)不服检察院其他处理决定的申诉;

(6)不服法院已经发生法律效力的刑事判决、裁定的申诉;

(7)不服法院已经执行完毕的刑事判决、裁定。

二、部门管辖之特殊规定及不服不立案的管辖问题

1、部门管辖之特殊规定。《人民检察院复查刑事申诉案件的规定》第32条第1款规定，“各级人民检察院检察长对同级人民法院的已经发生法律效力的刑事判决、裁定，如果发现在认定事实或适用法律上有错误可能，可以交主管业务部门立案复查。”即各级检察院检察长对同级法院的生效刑事判决、裁定，如果发现在认定事实或适用法律上有错误可能，应当交审查起诉部门复查。因为在这类案件中没有申诉人，所以，这类案件不属于刑事申诉案件，不应当由控申部门管辖。如果检察长是从申诉人的申诉中发现的错案，则应当由控申部门复查。当然，若此类案件作为交办案件，部门管辖的确定应按照检察长批示精神来办理。

2、不服不立案案件的管辖问题。对于不服公安机关或检察机关不立案决定的案件，应当由检察院侦查监督部门办理。同时，高检院刑事申诉厅对此还提出具体意见：

(1)不立案，表明案件不进入诉讼程序，没有进入诉讼程序就不存在诉讼终结问题，不属于控申部门管辖的刑事申诉案件;对不立案决定作出的复议决定，不属于“人民检察院其他处理决定”的申诉。按照刑事诉讼法的规定，控告人对不立案不服，可以申请复议，故此类案件应适用复议程序，不能适用刑事申诉案件复查程序。

(2)对下级检察院已经按照刑事申诉案件复查程序办理并发出《刑事申诉复查决定书》的不服不立案案件，控告人仍不服的，上级检察院应指出下级检察院适用程序上的错误，不能按照刑事申诉案件复查程序再行复查。

三、级别管辖

1、一般规定。《人民检察院复查刑事申诉案件规定》第8、9、10、11条对检察院管辖的刑事申诉的级别管辖作出了明确规定。

2、特殊规定

(1)不服检察院处理决定的申诉，原则上先由作出处理决定的检察院审查处理。对越级申诉的，上级检察院应将申诉材料交有管辖权的下级检察院办理。

(2)被害人不服检察院不起诉决定7日内提出申诉的要由上一级检察院管辖。如果被害人、被不起诉人均在7日内同时提出申诉，应由作出决定的上一级检察院直接管辖，进入复查程序。若被害人7日内申诉，公安机关同时提出复议的，先由同一级检察院复议，上一级检察院等一等，然后再立案复查。

(3)不服下一级检察院复查决定的申诉，上级检察院应予受理。只有在必要时，上级检察院才可以将自己管辖的申诉案件交下级检察院复查，或直接复查下级检察院管辖的刑事申诉案件。

(4)最高人民检察院下发的《关于做好专项清理工作，加大对不服人民法院生效刑事判决、裁定申诉案件办理力度的通知》第3条规定：对不服人民法院生效刑事判决、裁定的申诉，一般由作出生效判决、裁定的人民法院的同级人民检察院刑事申诉检察部门受理。直接向上级人民检察院申诉的，上级检察院可以交该检察院受理;如果属于案件疑难、复杂、重大的，或已经由作出生效判决、裁定的人民法院的同级人民检察院办理后仍然坚持申诉的，上级检察院应当直接受理。即各级检察院控申部门不不服人民法院刑事判决、裁定的申诉管辖范围主要是不服同级人民法院生效刑事判决、裁定的申诉。

(5)当事人对法院的驳回申诉通知书不服向检察机关提出的申诉，由原作出生效刑事判决、裁定的法院的同级检察院管辖。人民法院的“驳回申诉通知书”不属于刑事判决或裁定，不能改变原生效刑事判决、裁定的审级。