分情况。

1、如果是按正规的方式，以有限公司向自然人股东分配利润这个流程走的话，就要按“股息、红利所得”，缴纳分配金额的20%作为个人所得税。

2、如果是采取其他灵活方式，如使用法票，以报销名义向公司报销款项的话，就无需缴纳个人所得税，而且，因为报销费用会减少有限公司的利润，从而减少你公司应缴纳的企业所得税金额，一举两得。

3、如果自然人股东是以向公司借款的名义，来转走公司的资金的话，短期之内问题还不算大。但自然人股东占用公司的资金超过一年，而且未将资金用于企业的经营的话，有可能被地税以“视同分配利润”的方式，要求缴纳个人所得税。税率也是20%。

法律依据《公司法》。