应当遵照规定缴纳增值税。

将土地使用权作为资本投入公司股份，意味着该项土地使用权的所有权已经发生了转移，同时也象征着投资企业获得了被投资企业的部分股权。

因此，这实质上是一种有偿出售土地使用权的交易活动，按照《财政部国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》（财税〔2016〕36号）附件1的相关条款，即第十条“有偿销售不动产、无形资产”的规定，应当征收增值税。

《国家税务总局关于土地增值税清算有关问题的通知》八、纳税人按规定预缴土地增值税后，清算补缴的土地增值税，在主管税务机关规定的期限内补缴的，不加收滞纳金。