自行鉴定没有争议的情况下，可以作为医疗纠纷处理的依据，行政鉴定是行政机关处理医疗纠纷的依据，如果没有争议，经法院审查合法，也可以作为诉讼案件定案依据。司法鉴定除具有一般鉴定的属性外还具有司法权威性，在对鉴定结论存在争议的情况下，司法鉴定作为司法活动往往行使最终决定权，司法鉴定通常还作为法官认证的工具，实践中通常以司法鉴定结论作为裁判的依据。

医疗技术鉴定机构也分为民间鉴定机构、行政鉴定机构、司法鉴定机构。民间鉴定机构主要由医学、法律院校设立，也有一些独立的社会鉴定机构。行政鉴定机构主要是指医学会，是《医疗事故处理条例》这一行政法规指定的行政鉴定机构。司法鉴定机构主要是法院依法设立的专门从事司法鉴定的机构。这种划分是以目前从事何种鉴定为主业为标准，民间检定机构及行政鉴定机构也可受法院委托从事司法鉴定。也有些司法鉴定机构办理非诉讼鉴定案件。

各种鉴定机构各有利弊。民间鉴定机构作为纯市场主体，其优点是服务意识较强，委托人或许能有一点“上帝”感，其缺点在于片面性，结论不易被采信。医学会的优势在于医疗技术力量雄厚，其劣势在于同行情结与法律欠缺，其缺点在行政处理时还能被掩盖，但受法院委托从事司法鉴定时总难免暴露出来。医学会鉴定多数时候显得同行相护，个别情况同行相侵;鉴定人不署名、不出庭使鉴定结论作为证据具有致命的程序缺陷;鉴定结论总是注重是否医疗事故，对案件来说往往答非所问。司法鉴定的优势在于中立性强，与案件处理的协调性强，缺点在于医疗技术力量不充分，常常需要聘请专家，费用较大，否则可能因技术不全面而影响鉴定的科学性。

医疗纠纷发生后，选择医疗技术鉴定机构需要高度重视，与案件的处理的最终结果息息相关。鉴定机构的中立性与专业水平是最重要的考虑因素，但中立性更应优先考虑。

在文章的结尾之处，首先想针对刑诉法委托医院鉴定的这个问题提醒大家一句，我国的公检法机关是绝对不会委托给哪一家医院去进行司法鉴定的，因为医院根本就不具备司法鉴定的资格。所以关系到医学上面的一些司法鉴定的内容也是委托给依法成立的司法鉴定中心而不是医院，而刑事诉讼法当中关于司法鉴定也有着非常细节性的规定。