处理二手房阴阳合同的方式是：

1、如果签订的两份合同，按照规定，既不需要批准，也无须备案，则以实际履行的合同为准。有的法院判例则以时间在后的合同为准；

2、合同需要备案的，以备案的合同为准，这是一般原则；但是如果备案的合同没有实际履行，而实际履行的合同中有违法利益，则价格以实际履行的合同为准。

二手房阴阳合同有法律效力吗？

订立二手房阴阳合同的，阴合同一般有法律效力。阴合同中的交易价格是买卖双方的真实意思表示，应当认定为有效；阳合同是对外登记公示的合同，其价格条款的无效不影响合同其他部分的效力，即房屋买卖合同中其他部分的约定对外生效。

《民法典》第一百四十六条

行为人与相对人以虚假的意思表示实施的民事法律行为无效。

以虚假的意思表示隐藏的民事法律行为的效力，依照有关法律规定处理。