公司对员工进行罚款的话是不合法的，劳动法上的用人单位不是行政执法机关，法律对于用人单位并没有赋予法定上的罚款权利，无权对职工的违法行为进行罚款，所以在实际中遇到公司对违反规章的员工进行罚款处罚的是违反法律规定的。特别要注意的是，并不是所有的组织和个人都有罚款的权力，也不是所有的行政主体都有罚款的权力，只有那些经过法律、法规或者规章授权的行政主体才有罚款的权力。

员工违纪的处理时限

《劳动争议调解仲裁法》第27条规定：劳动争议申请仲裁的时效期间为一年。仲裁时效期间从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。同理，用人单位处理违纪职工的时效也可以确定为1年，处理时效从用人单位证实或者应当证实职工犯错误之日起算。

《中华人民共和国劳动法》

第六条

国家提倡劳动者参加社会义务劳动，开展劳动竞赛和合理化建议活动，鼓励和保护劳动者进行科学研究、技术革新和发明创造，表彰和奖励劳动模范和先进工作者。

第七条

劳动者有权依法参加和组织工会。工会代表和维护劳动者的合法权益，依法独立自主地开展活动。

第八条

劳动者依照法律规定，通过职工大会、职工代表大会或者其他形式，参与民主管理或者就保护劳动者合法权益与用人单位进行平等协商。