公司每个月扣绩效作为年终奖不合法，用人单位不得克扣劳动者工资。有下列情况之一的，用人单位可以代扣劳动者工资：用人单位代扣代缴的应由劳动者个人负担的各项社会保险费用；法院判决、裁定中要求代扣的抚养费、赡养费；用人单位代扣代缴的个人所得税；其他。

公司扣绩效工资是否可以申请劳动仲裁

公司扣绩效工资可以申请劳动仲裁。发生劳动争议，当事人不愿协商、协商不成或者达成和解协议后不履行的，可以向调解组织申请调解。不愿调解、调解不成或者达成调解协议后不履行的，可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。对仲裁裁决不服的，可以向人民法院提起诉讼。劳动仲裁的流程具体如下：

1、提交申请书；

2、仲裁受理；

3、开庭审理；

4、仲裁调解；

5、仲裁裁决。

《工资支付暂行规定》第十五条

用人单位不得克扣劳动者工资。有下列情况之一的，用人单位可以代扣劳动者工资：

（一）用人单位代扣代缴的个人所得税；

（二）用人单位代扣代缴的应由劳动者个人负担的各项社会保险费用；

（三）法院判决、裁定中要求代扣的抚养费、赡养费；

（四）法律、法规规定可以从劳动者工资中扣除的其他费用。