两次退回补充侦查的案件可以不起诉，案件经过两次退回补充侦查，仍然证据不足，不符合起诉条件的，人民检察院应当作出不起诉决定。对于补充侦查的案件，应当在一个月以内补充侦查完毕。

一、检察院认为证据不足的案子怎么处理

在刑事案件中，检察院认为证据不足的案子在不同的阶段公检法的处理有所不同。

首先，立案侦查阶段，人民检察院审查案件，对于需要补充侦查的，可以退回公安机关补充侦查，也可以自行侦查。对于补充侦查的案件，应当在一个月以内补充侦查完毕。补充侦查以二次为限。对于二次补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，应当作出不起诉的决定。

其次，在抗诉阶段，接受抗诉的人民法院应当组成合议庭重新审理，对于原判决事实不清楚或者证据不足的，可以指令下级人民法院再审。

最后，在判决阶段，证据不足，不能认定被告人有罪的，应当作出证据不足、指控的犯罪不能成立的无罪判决。

二、检察院退侦撤回应该怎么处理

检察院退侦撤回后，应当作出不起诉的决定。人民检察院审查案件，对于需要补充侦查的，可以退回公安机关补充侦查，也可以自行侦查。对于退回公安机关补充侦查的案件，应当在一个月以内补充侦查完毕。补充侦查以二次为限。

三、退补侦查期限

退回补充侦查换押期限是：对于补充侦查的案件，应当在一个月以内补充侦查完毕。补充侦查以二次为限。

补充侦查完毕移送人民检察院后，人民检察院重新计算审查起诉期限。对于两次补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，应当作出不起诉的决定。