运输合同纠纷比一般合同纠纷复杂，涉及承运人是否正确履行合同，是否造成货物损坏，是否按时运输，收货人是否履行收货义务。从便利审判、诉讼和实际联系的角度来看，运输合同纠纷适合运输起始地、目的地或被告住所地法院管辖。目的地是指客货运输的最终到达地。运输合同可以通过单一的运输工具完成，如路上运输、水上运输或空中运输，也可以通过多种运输工具联合运输。路上运输也分为公路运输和铁路运输。使用不同的运输工具可能会导致普通法院管辖或特殊法院管辖的问题。在实践中处理这一问题的基本原则是：

（1）如果使用单一的运输工具，管辖法院应根据不同的运输工具确定。比如水运由海事法院管辖，铁路运输由铁路运输法院管辖；

（2）采用联合运输的，根据具体情况，与海事有关的，由海事法院管辖，与铁路运输有关的，由铁路运输法院管辖；

（3）联合运输中，如果同时存在水运和铁路运输，法律没有具体规定如何确定管辖法院。在这种情况下，当事人可以选择法院管辖。