宅基地确权不算两套房。如果是在农村宅基地上自建的房子，是没有商品房产权证的。所以，只要符合限购条件，没有其他商品房产，购买商品房是不算二套房的。二套房是第二套普通自住房的简称，是指以借款人家庭为单位认定的，借款人家庭人均住房面积高于当地平均水平的，再次向商业银行申请住房贷款的房贷房。

农村宅基地确权的步骤

1、由宅基地的使用权人，也就是现在在使用宅基地的人，领取由当地的土地管理部门印发的《农村宅基地使用权申报登记表》。

2、村民使用的宅基地还要当地村委会或者镇政府出具土地来源的证明，比如宅基地的审批手续，房屋的规划许可证等手续。

3、当地的国土部门根据农民的申请，对农民自有的宅基地范围、界线、权属性质、用途等情况进行实地调查、记录并经相邻各方认定，为地籍测量作准备。村里最近常见的测量队，他们主要负责对农民的宅基地界定位置。

4、测量过程中，还要组织这块地的相邻地块的农民一起去现场指认各自界限，并且在双方都认可的界限、界址点共同签名盖章。

5、测量完毕，经土地主管部门审核，认为界限清楚没有争议的进行公告。并写明如谁对这块宅基地有异议的要在多久提出。

6、经过公告，而且没有人提出异议的宅基地，在公告期满后，由当地县政府签发农村宅基地使用权证。农民才算是拿到了宅基地使用权证，这块宅基地才能算是农民所有的。

《确定土地所有权和使用权的若干规定》第四十九条接受转让、购买房屋取得的宅基地，与原有宅基地合计面积超过当地政府规定标准，按照有关规定处理后允许继续使用的，可暂确定其集体土地建设用地使用权。继承房屋取得的宅基地，可确定集体土地建设用地使用权。