如果合同没有特别约定，经双方协商一致签订的补充协议就与主合同具有同等的法律效力，其实实际操作上，“补充协议”的效力往往高于主合同。

当补充合同的约定与主合同的约定发生矛盾时，应该以时间在后的约定条款为准执行。所以，补充合同的效力优于主合同的效力。

一、补充协议的内容规定是什么？

1、一般情况下，补充协议不能涉及主合同约定的主要标的物，不能对主合同进行实质性修改。如果要对主合同进行实质性的修改，其前提是必须符合法律规定事由，例如在合同履行过程中正常的变更或建筑面积等的变化，就可以通过签订补充协议或签证来进行。

2、特殊情况下，建筑许可、建筑工程发包与承包、建筑工程监理需要在相关部门备案的合同，以及经过招投标的合同，其条款一般不能在补充协议中随便更改。但是，现实中由于合同双方在主合同签订后往往需要订立一些与原合同不一致(主要是工程价款方面)的补充协议，按照招投标法及最高人民法院的相关司法解释，这样的补充合同中的内容是具有相应效力的，也不能推翻原合同。

3、从理论上说，经过备案的以及经过招投标的合同，涉及合同实质性内容的变更签证，应再度进行备案。至于这种备案是否是强制性的，如何进行备案，目前法律上并无新增的管理规定，可以参考当地备案部门的相关要求来决定。

二、补充协议需要满足哪些条件才有效

补充协议需要满足以下条件才有效：

1、只要不违反法律的禁止性和限制性规定，充分尊重双方的意思自治，协议内容合法有效，补充协议的效力与主合同相同；

2、补充协议与主合同发生冲突时，视为主合同的变更或撤销，其效力优于主合同。即补充合同中与主合同相冲突的条款，优先考虑补充协议的条款；

3、双方需要在补充协议中明确补充原合同的效力范围，明确补充主合同是否在原范围内生效或变更，如何变更；

4、补充协议以主合同的成立和有效性为基础。如果主合同成立缺乏必要条件和必要条款，或者主合同被确认无效或撤销，则无需签订补充协议。

三、合同金额超了，怎么写补充合同

首先，依据我国民法典的规定，合同的金额写少了，通过补充协议的方式解决是可以的，而补充协议要以书面的形式写，并且由双方签字。

其次，书写补充协议时要注意：

一是双方当事人的基本信息需全面具体；

二是说明拟定补充协议的原因；

三是协议补充的内容或变更的内容。当补充合同的约定与主合同的约定发生矛盾时，应该以时间在后的约定条款为准执行。