双方可以在协议中明确规定两个孩子是由一方直接抚养还是由双方父母共同抚养。如果父母双方未能达成协议，双方都想要或不想要孩子，法院将根据父母双方的能力来决定谁来抚养孩子。如果孩子已经到了10岁，也要问孩子自己的愿望。法院不会简单粗暴地判决单亲直接抚养一个孩子，而是根据具体情况，考虑到子女之间的情感培养，判决单亲是否直接抚养两个孩子。

离婚有两个孩子一般怎么判？

两个孩子抚养权的分配问题，双方可以协商，协商不成，需要由人民法院进行判决；不满两周岁的子女，以由母亲直接抚养为原则。已满两周岁的子女，父母双方对抚养问题协议不成的，由人民法院根据双方的具体情况，按照最有利于未成年子女的原则判决。子女已满八周岁的，应当尊重其真实意愿。

《中华人民共和国民法典》

第一千零八十七条离婚时，夫妻的共同财产由双方协议处理；协议不成的，由人民法院根据财产的具体情况，按照照顾子女、女方和无过错方权益的原则判决。

对夫或者妻在家庭土地承包经营中享有的权益等，应当依法予以保护。

第一千零八十八条夫妻一方因抚育子女、照料老年人、协助另一方工作等负担较多义务的，离婚时有权向另一方请求补偿，另一方应当给予补偿。具体办法由双方协议；协议不成的，由人民法院判决。