补充医疗保险主要是单位自行办理的，可以按照单位职工工资总额的4％进行提交。单位开设专户管理，专款专用。通过《中华人民共和国企业所得税法实施条例》，《财政部、国家税务总局关于补充养老保险费补充医疗保险费有关企业所得税政策问题的通知》《财政部劳动保障部关于企业补充保险有关问题的通知》相关政策文件中，我们发现对符合补充医疗保险规定的企业，在为企业任职或者受雇的员工支付补充医疗保险的保险费时候，在不超过职工工资总额的5％的标准内的部分，计算应纳所得税准予扣除，超过的部分不予扣除。计提而未实际支付的补充医疗保险资金不得在税前进行扣除。

一、企业补充医疗保险的报销比例

第一，企业补充医疗保险的报销主要原则就是报销社保没有报销的那一部分。比如说，如果门诊1800以内的部分，以及1800以上的社保报销比例以外的部分。住院1300以内的部分以及1300以上社保报销比例以外的部分，当然各地也会有所不同。

第二，企业补充医疗保险报销多少主要是根据单位自己选择而定的，比如说门诊单位就可以选择在社保报销以外报销60％或者80％，住院也一样，主要是可以在申报报销以后再报销90％或95％。

第三，企业补充医疗保险的费用，这是要根据企业选择的补充医疗保险的报销比例而确定的。门诊部分的费用是比较高的，选择报销90％要比选择报销60％的费用要高，住院部分的费用是相对来说低的，所以很多单位会门诊的比例不选择那么高，这样的话费用就可以低一些，另外费用还会和参保的人员多少人员的平均年龄退休人员的数量有关。

第四，企业补充医疗保险是一年一交的，是在工资的4％中列支，但并不是说把4％都交上来，如果有人员变动可以在现在的社保中做增加或者减少的变更，这样的话拿着社保的变更单就可以在保险公司做补充医疗的人员变更。