特殊病种门诊办理流程如下：

1、参保人员需持经治大夫出具的《诊断证明》，到本人选定的“特殊病种”定点医疗机构医疗保险办公室领取《xx市医疗保险特殊病申报审批单》一式两份（以下简称《审批单》）；

2、本人或家属按要求填写后，到医院医保办公室进行审批，由医院在审批单中填写明确诊断，加盖医院公章；

3、本人携带《审批单》和《xx市医疗保险手册》（以下简称《手册》）到本人单位，由单位在《审批单》中填写意见，加盖单位公章；

4、用人单位或参保人员持《审批单》和《手册》到区、县医疗保险经办机构办理“特殊病种”审批手续。区、县医疗保险经办机构对符合“特殊病种”审批条件的参保人员进行审批备案；

5、参保人员到区、县医疗保险经办机构变更《手册》信息；

6、参保人员将一份《审批单》交回特殊病种定点医疗机构医保办留存。

法律依据：《中华人民共和国社会保险法》第二十四条

国家建立和完善新型农村合作医疗制度。新型农村合作医疗的管理办法，由国务院规定。

第二十六条

职工基本医疗保险、新型农村合作医疗和城镇居民基本医疗保险的待遇标准按照国家规定执行。

第二十七条

参加职工基本医疗保险的个人，达到法定退休年龄时累计缴费达到国家规定年限的，退休后不再缴纳基本医疗保险费，按照国家规定享受基本医疗保险待遇；未达到国家规定年限的，可以缴费至国家规定年限。

第二十八条

符合基本医疗保险药品目录、诊疗项目、医疗服务设施标准以及急诊、抢救的医疗费用，按照国家规定从基本医疗保险基金中支付。

特殊病种门诊报销规定2021

特殊病种也可以进行门诊报销，报销比例各地规定不一，各地的人社相关部门也出台了相关的规定对于特殊病种门诊报销进行了规定。一般情况下，特殊病种的门诊报销是不设起付线的，而且一般可以按照患者实际支付费用的75％的比例来计算补偿，如果超过了年度限额医保的话，那么就不予报销。