一、司法机关对于强奸罪应该怎么认定?

1、嫌疑人侵犯了妇女的性自由。

2、表现为以暴力、胁迫或其他使妇女不能抗拒、不敢抗拒的手段，违背妇女意志，强行与妇女发生性关系的行为。

3、嫌疑人是年满十四周岁的男子。

4、嫌疑人是直接故意，并且具有强行奸淫的目的。

二、对于强奸案件审查起诉的时间是多久?

我国《刑事诉讼法》第172规定：人民检察院对于公安机关移送起诉的案件，应当在1个月以内作出决定，重大复杂的案件，可以延长半个月。人民检察院审查起诉的案件，改变管辖的，从改变后的人民检察院收到案件之日起计算审查起诉期限。

另外，《刑事诉讼法》第175条规定，对于补充侦查的案件，应当在1个月以内补充侦查完毕，补充侦查以2次为限。补充侦查完毕移送人民检察院后，人民检察院重新计算审查起诉期限。

三、强奸案件的审理时间

一审法院的正常审理期限(一般为2个月，至迟不超过3个月，特殊情况例外)《中华人民共和国刑事诉讼法》

第二百零八条人民法院审理公诉案件，应当在受理后二个月以内宣判，至迟不得超过三个月。对于可能判处死刑的案件或者附带民事诉讼的案件，以及有本法第一百五十八条规定情形之一的，经上一级人民法院批准，可以延长三个月;因特殊情况还需要延长的，报请最高人民法院批准。

人民法院改变管辖的案件，从改变后的人民法院收到案件之日起计算审理期限。

人民检察院补充侦查的案件，补充侦查完毕移送人民法院后，人民法院重新计算审理期限。

《刑事诉讼法》

第一百五十八条下列案件在本法第一百五十六条规定的期限届满不能侦查终结的，经省、自治区、直辖市人民检察院批准或者决定，可以延长二个月：

(一)交通十分不便的边远地区的重大复杂案件;

(二)重大的犯罪集团案件;

(三)流窜作案的重大复杂案件;

(四)犯罪涉及面广，取证困难的重大复杂案件。

根据上述规定，人民法院审理一审案件常见的审限应当在三至六个月。

通俗点来说，认定强奸罪的时候，如果犯罪嫌疑人实施的犯罪行为不符合强奸罪的构成要件，法院就不能以强奸罪定罪，比如强奸罪规定的是，在受害人不愿意的情况下发生了性关系，换言之，受害人自愿发生性关系的，谈不上是强奸。