农村土地使用地基变更程序是：双方携带身份证、户口本的复印件以及集体土地使用权证书，村委会证明及村委对现土地使用者的资格审查意见等有关证明文件、材料向当地县、市土地管理部门提出宅基地使用权变更登记申请。土地管理部门组织到实地审查申请人是否符合条件，制作宗地图，权属审核无误进行变更登记。

《不动产登记暂行条例》第四条国家实行不动产统一登记制度。不动产登记遵循严格管理、稳定连续、方便群众的原则。不动产权利人已经依法享有的不动产权利，不因登记机构和登记程序的改变而受到影响。《土地管理法》第十二条土地的所有权和使用权的登记，依照有关不动产登记的法律、行政法规执行。依法登记的土地的所有权和使用权受法律保护，任何单位和个人不得侵犯。《城市房地产管理法》第六十条国家实行土地使用权和房屋所有权登记发证制度。