按照5％扣除。自2008年1月1日起，企业根据国家有关政策规定，为在本企业任职或者受雇的全体员工支付的补充养老保险费、补充医疗保险费，分别在不超过职工工资总额5％标准内的部分，在计算应纳税所得额时准予扣除；超过的部分，不予扣除。

企业补充养老保险缴费比例

1、补充养老保险的缴费比例是用人单位和个人均以个人上年度月平均工资为缴费基数。

2、个人上年度月平均工资低于全市上年度职工月平均工资百分之六十的，以全市上年度职工月平均工资百分之六十为缴费基数；超过全市上年度职工月平均工资百分之三百的，以全市上年度职工月平均工资百分之三百为缴费基数。

3、个人上年度月平均工资超过全市上年度职工月平均工资的，超过部分应缴的社会统筹基金的百分之五十，记入个人补充养老保险账户。

4、按规定，只有个人上年度月平均工资没有超过全市上年度职工月平均工资三倍的，就应该按照个人的实际月平均工资作为缴费基数缴纳基本养老保险，且全部个人缴费都计入个人帐户。

《中华人民共和国企业所得税法实施条例》第三十五条企业依照国务院有关主管部门或者省级人民政府规定的范围和标准为职工缴纳的基本养老保险费、基本医疗保险费、失业保险费、工伤保险费、生育保险费等基本社会保险费和住房公积金，准予扣除。企业为投资者或者职工支付的补充养老保险费、补充医疗保险费，在国务院财政、税务主管部门规定的范围和标准内，准予扣除。