一、检察院立案后怎么处理案件

根据相关法律规定，人民检察院办理直接受理侦查的案件，应当全面、客观地收集、调取犯罪嫌疑人有罪或者无罪、罪轻或者罪重的证据材料，并依法进行审查、核实。办案过程中必须重证据，重调查研究，不轻信口供。

严禁刑讯逼供和以威胁、引诱、欺骗以及其他非法方法收集证据，不得强迫任何人证实自己有罪。

二、哪一种案件由人民检察院直接立案侦查

依据相关法律的规定，人民检察院立案管辖的案件一般是属于国家机关工作人员贪污、受贿等职务犯罪的案件。

人民检察院立案侦查贪污贿赂犯罪、国家工作人员的渎职犯罪、国家机关工作人员利用职权实施的非法拘禁、刑讯逼供、报复陷害、非法搜查的侵犯公民人身权利的犯罪以及侵犯公民民主权利的犯罪案件。

国家机关工作人员利用职权实施的侵犯公民人身权利和民主权利的犯罪案件包括：

1．非法拘禁案；

2．非法搜查案；

3．刑讯逼供案；

4．暴力取证案；

5．虐待被监管人案；

6．报复陷害案；

7．破坏选举案。

三、刑事案件检察院一定会起诉吗

不一定。

《中华人民共和国刑事诉讼法》第一百七十七条

犯罪嫌疑人没有犯罪事实，或者有本法第十六条规定的情形之一的，人民检察院应当作出不起诉决定。

对于犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚的，人民检察院可以作出不起诉决定。

人民检察院决定不起诉的案件，应当同时对侦查中查封、扣押、冻结的财物解除查封、扣押、冻结。对被不起诉人需要给予行政处罚、处分或者需要没收其违法所得的，人民检察院应当提出检察意见，移送有关主管机关处理。有关主管机关应当将处理结果及时通知人民检察院。

《中华人民共和国刑事诉讼法》第十六条

有下列情形之一的，不追究刑事责任，已经追究的，应当撤销案件，或者不起诉，或者终止审理，或者宣告无罪：

1．情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪的；

2．犯罪已过追诉时效期限的；

3．经特赦令免除刑罚的；

4．依照刑法告诉才处理的犯罪，没有告诉或者撤回告诉的；

5．犯罪嫌疑人、被告人死亡的；

6．其他法律规定免予追究刑事责任的。

《中华人民共和国刑事诉讼法》（2018修正）：第三章　提起公诉　　第一百八十一条　对于人民检察院依照本法第一百七十七条第二款规定作出的不起诉决定，被不起诉人如果不服，可以自收到决定书后七日以内向人民检察院申诉。人民检察院应当作出复查决定，通知被不起诉的人，同时抄送公安机关。