1、行使驰名商标认定权的主体不同。根据新《认定和保护规定》第四条、第八条以及《商标法实施条例》第四十五条的规定,行使驰名商标行政认定权的是商标局和商标评审委员会。根据《审理商标民事纠纷案件适用法律若干问题的解释》第二十二条和《审理涉及计算机网络域名民事纠纷案件适用法律若干问题的解释》第六条的规定以及2001年12月25日最高人民法院审判委员会第一千二百零三次会议通过的《最高人民法院关于审理商标案件有关管理和法律适用范围问题的解释》第二条第三款的规定,行使驰名商标司法认定权的是中级以上的各级人民法院。

2、驰名商标行政认定权和司法认定权的效力,在不同个案中相同,在同一个案中司法认定权的效力高于行政认定权的效力。

3、适用范围不同。商标局或商标评审委员会既可以对被申请的注册商标又可以对被申请的未注册商标是否驰名进行认定。而根据《审理商标民事纠纷案件适用法律若干问题的解释》第二十二条以及《审理涉及计算机网络域名民事纠纷案件适用法律若干问题的解释》第六条的规定,人民法院仅仅可以对注册商标是否驰名进行认定而不能对未在中国注册的商标是否驰名进行认定,这与我国奉行“注册取得原则”从而侧重保护注册商标相一致,但有违“司法最终审查原则”。