主要有三点：非法出具金融票证罪可以涉及金融机构的信用证、保函、票据、存单、资信证明等多种金融业务，而对违法票据承兑、付款、保证罪只涉及金融机构的票据业务，不涉及其它金融业务；非法出具金融票证罪的行为是金融机构或者金融机构工作人员提供信用证、保函、票据、存单、资信证明等各种金融票证，如果仅就票据业务而言，只涉及票据的出票行为；而对违法票据承兑、付款、保证罪的具体行为，要涉及承兑、保证两种票据行为和付款这一票据流通环节。付款不是法定的票据行为，因为票据付款不能引起票据权利义务关系的发生，相反，票据付款使票据完成使命，一切票据权利义务关系都消失了。非法出具金融票证罪，只要损失较大就构成犯罪，损失较大的下线是个人违反规定为他人出具金融票证，造成直接经济损失数额在十万元以上的、单位违反规定为他人出具金融票证，造成直接经济损失数额在三十万元以上的。而对违法票据承兑、付款、保证罪，必须是重大损失才能构成犯罪，重大损失的下线是个人对违反票据法规定的票据予以承兑、付款、保证，造成直接经济损失数额在五十万元以上的、单位对违反票据法规定的票据予以承兑、付款、保证，造成直接经济损失数额在一百万元以上的。在司法实践中，对于违规出具金融票证罪的具体判刑情况，是基于上述不同的情节来进行量刑处理的，特别是对于相关事项的认定上，还需要基于实际的违法事实后果来进行判决处理，如果造成了严重的违法事实的，是需要从严进行判决处理的。

对违法票据承兑、付款、保证罪的刑事责任？

行为人构成对违法票据承兑、付款、保证罪，造成重大损失的，处五年以下有期徒刑或者拘役；造成特别重大损失的，处五年以上有期徒刑。单位犯此罪的，对单位判处罚金；对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员，依照上述的规定处罚。

《关于公安机关管辖的刑事案件立案追诉标准的规定（二）》

第四十五条［对违法票据承兑、付款、保证案（刑法第一百八十九条）］银行或者其他金融机构及其工作人员在票据业务中，对违反票据法规定的票据予以承兑、付款或者保证，造成直接经济损失数额在二十万元以上的，应予立案追诉。