一、两者的作用不同：

1、船舶所有权证书的作用：表明船舶所有人依法对其船舶享有bai占有、使用、收益和处分的权利证书。

2、船舶登记证书的作用：赋予船舶以国籍和权利义务的行为，即对船舶享有某种权利的人，向国家授权的船舶登记机关提出申请并提交相应的文件，经船舶登记机关审查，对符合法定条件的船舶予以注册，并以国家的名义签发的相应证书。

二、两者的特点不同：

1、船舶所有权证书的特点：

（1）以船舶为客体。船舶所有权的客体仅限于船舶，但此种船舶不是一般意义上的船舶。《海商法》第3条规定：“本法所称船舶，是指海船和其他海上移动式装置，但是用于军事的、政府公务的船舶和20总吨以下的小型船艇除外。前款所称船舶，包括船舶属具”。可见，船舶所有权的范围包括船舶本身及其属具。

（2）以登记为公示方法。船舶的性质属于动产，但此种动产具有其特殊性。因此，《海商法》第9条规定：“船舶所有权的取得、转让和消灭，应当向船舶登记机关登记；未经登记的，不得对抗第三人。船舶所有权的转让，应当签订书面合同。”

（3）船舶所有权人具有特殊的法律地位。一方面船舶所有权人负有特殊的法定义务，另一方面船舶所有权人享有一些法定的特权，如责任限制等。

2、船舶登记证书的特点：

船舶登记的法律效力主要表现在从船舶登记机关获取了相应的登记证书来证明其享有的船舶权利，可以对抗第三人。同时，有权悬挂该国国旗在海上航行。

三、意义不同：

1、船舶所有权证书的意义：

船舶使用是指船舶所有人依照船舶性能和用途利用船舶逬行营利的权利，是为了实现船舶的营运目的；船舶收益是指船舶所有人通过船舶的营运而收取的利益，包括运费、租金和相应的利息收人。

船舶处分是指船舶所有人依照自己的意志通过某种法律行为而对船舶进行的处置，包括事实上的处分如船舶拆解、弃船等，和法律上的处分如将船舶转让、卖与他人、在船舶上设定抵押权等。

2、船舶登记证书的意义：

（1）确定船舶的国籍。航行船舶必须取得某一国家的国籍，从而获得悬挂该国国旗航行的权利。船舶在哪个国家登记，就取得哪个国家的国籍，该国就是该船的船旗国。

我国《海商法》第五条规定：“船舶经依法登记取得中华人民共和国国籍，有权悬挂中华人民共和国国旗航行。船舶非法悬挂中华人民共和国国旗航行的，由有关机关予以制止，处以罚款。”。