1、工程预付款的额度。建筑工程的预付款一般不宜超过当年建筑（包括水、电、暖、卫等）工程工作量的50％但也不能低于30％；

大量采用预制构件以及工期在6个月以内的工程，可以适当增加比例。安装工程一般不宜超过当年安装工程量的20％，安装材料用量较大的工程可以适当增加。

2、工程预付款的扣回时间和方式。折回或折抵的方式与比例应在合同中明确约定。

工程预付款支付的时间一般不迟于约定的开工日期前7天。为了能让工程预付款全部用于工程中而不被挪作他用，防止承包方收到工程预付款后不能按时进场施工，发包方可以在合同中约定由发包方对工程预付款的使用情况进行监督的办法。

3、扣回工程预付款的时间和比例，比如在工程进度款支付至25％到75％之间按工程进度款比例扣回。

合同中预付款与定金的区别

合同中预付款与定金在于两者的性质根本不同，表现在：

1．性质不同。定金是债的担保方式，预付款则是主合同的内容之一，给付预付款是履行主债的行为。

2．作用不同。预付款的作用在于帮助对方解决资金上的困难，具有支援性；定金主要作用还在于担保合同的履行。

3．效力不同。预付款在合同正常履行的情况下，成为价款的一部分，在合同没有得到履行的情况下，不管是给付一方当事人违约，还是接受方违约，预付款都要原数返回。定金则不同，在合同得到履行时，定金是收回还是抵作价款，要根据双方当事人的约定来确定，并非一定抵作价款。

根据《建设工程价款结算办法》第13条规定：实行预付款结算，每月终了，建筑安装企业应根据当月实际完成的工程量以及施工图预算所列工程单价和取费标准；

计算已完工程价值；编制工程价款结算帐单和已完工程月报表，送建设单位和建设银行办理结算。