刑事诉讼管辖权有异议的，一般由法院协商解决，如果解决不了的，由上级人民法院指定管辖法院。案件当事人是没有异议权的。

《最高人民法院关于适用的解释》

第十六条有管辖权的人民法院因案件涉及本院院长需要回避等原因，不宜行使管辖权的，可以请求移送上一级人民法院管辖。上一级人民法院可以管辖，也可以指定与提出请求的人民法院同级的其他人民法院管辖。

第十七条两个以上同级人民法院都有管辖权的案件，由最初受理的人民法院审判。必要时，可以移送被告人主要犯罪地的人民法院审判。

管辖权发生争议的，应当在审理期限内协商解决；协商不成的，由争议的人民法院分别层报共同的上级人民法院指定管辖。

一、刑事诉讼中的管辖有几种

我国的刑事审判管辖分为普通管辖和专门管辖，普通管辖又分为级别管辖、地域管辖、指定管辖。

1、级别管辖是指各级人民法院在审理第一审刑事案件上的权限划分。我国刑事诉讼法规定：基层人民法院管辖危害国家安全案件、外国人犯罪案件之外的刑事案件；中级人民法院管辖危害国家安全案件、外国人犯罪案件和可能判处无期徒刑以上刑罚的案件；高级人民法院管辖全省(自治区、直辖市)性的重大刑事案件；最高法院管辖全国性的刑事案件。

2、地域管辖是指同级人民法院之间在审理第一审刑事案件权限上的划分。我国刑事诉讼法规定了地狱管辖的一般原则，即以犯罪地人民法院管辖为主，被告人居住地人民法院管辖为辅原则；以最初受理的人民法院审判为主，主要犯罪地人民法院审判为辅原则。

3、指定管辖在实践中，有时会发生人民法院因为管辖界限不明出现争议或推诿，或者有管辖权的法院不宜行使管辖权的现象。为了使案件得到及时、公正审判，法律赋予了上级人民法院确定或改变管辖的权力。我国刑事诉讼法规定：上级人民法院可以指定下级人民法院审判管辖不明的案件，也可以指定下级人民法院将案件移送其他人民法院审判。

4、专门管辖专门管辖是指专门人民法院与普通人民法院之间，各种专门人民法院以及各专门人民法院系统内部在受理一审刑事案件受理范围上的分工。有刑事管辖权的专门法院是军事法院和铁路运输法院。军事法院管辖违反军人职责和危害国防军事的案件。铁路运输法院管辖的案件是铁路系统公安机关负责侦破的刑事案件。

二、刑事案件管辖权地怎么确定

《刑事诉讼法》第24条对地域管辖作了明确的规定：“刑事案件由犯罪地的人民法院管辖。如果由被告人居住地的人民法院审判更为适宜的，可以由被告人居住地的人民法院管辖。”由此可知：

(1)刑事案件原则上是由犯罪地的人民法院管辖。其中的“犯罪地”包括犯罪预备地、犯罪行为实施地、犯罪结果发生地和销赃地。犯罪地在几个人民法院辖区内的，这几个人民法院对该案件都有管辖权。

(2)如果根据案件和被告人的情况，由被告人居住地的人民法院审判最为适宜的，可以由被告人居住地的人民法院管辖。其中“被告人居住地”包括被告人的户籍、住所地。司法实践中，由被告人居住地人民法院审判更为适宜的刑事案件一般包括：被告人流窜作案，犯罪地界限不清，其居住地群众更加了解案情，对被告人的押送又有比较安全方便的案件；被告人在居住地民愤很大，当地群众强烈要求在其居住地审判的；被告人可能判处有期徒刑、拘役、缓刑或者管制，而应在被告人居住地进行监督考察和改造的案件，等等。