发生股权转让协议纠纷有以下几方面：

1、部分股东隐瞒并冒充其他股东签订股权转让协议；

2、股权转让协议签订后，出让人不履行协议义务，协助受让人办理工商变更登记或者受让人不履行股权转让款的支付；

3、一方起诉确认股权转让协议无效；

4、隐名股东代替挂名股东签订股权转让协议；

5、有限责任公司股东未经其他股东同意将股权转让给第三方，侵犯其他股东的优先购买权。

如何确定股权转让协议纠纷法院管辖？

在股权转让协议纠纷中，如果双方当事人对管辖法院有约定且约定有效的，应适用其约定；没有约定或约定不明，应适用法律规定，即由被告住所地或合同履行地人民法院管辖。

对于被告所在地，人们一般不会有歧义。而对于股权转让的合同履行地，应为股权转让的目标公司的公司注册地。因此，以公司注册地作为此类案件的管辖地也是国际上通行的做法。

《中华人民共和国公司法》第七十一条有限责任公司的股东之间可以相互转让其全部或者部分股权。

股东向股东以外的人转让股权，应当经其他股东过半数同意。股东应就其股权转让事项书面通知其他股东征求同意，其他股东自接到书面通知之日起满三十日未答复的，视为同意转让。其他股东半数以上不同意转让的，不同意的股东应当购买该转让的股权；不购买的，视为同意转让。

经股东同意转让的股权，在同等条件下，其他股东有优先购买权。两个以上股东主张行使优先购买权的，协商确定各自的购买比例；协商不成的，按照转让时各自的出资比例行使优先购买权。

公司章程对股权转让另有规定的，从其规定。