区别在于：

第一、两者的参保对象不同。城镇医保主要是具有城镇户口的居民才可以参保；新农合是只有农村户口的居民才能参保。

第二、报销渠道不一样。城镇医保报销在居民所在的社区医保部门，新农合必须到乡镇所在的农合办。

《中华人民共和国社会保险法》第四条：中华人民共和国境内的用人单位和个人依法缴纳社会保险费，有权查询缴费记录、个人权益记录，要求社会保险经办机构提供社会保险咨询等相关服务。个人依法享受社会保险待遇，有权监督本单位为其缴费情况。