发包人支付给承包人的工程备料款的性质是预支。随着工程进度的推进，拨付的工程进度款数额不断增加，工程所需主要材料，构件的用量逐渐减少，原已支付的预付款应以抵扣的方式予以陆续扣回。

工程预付款扣款的方法：是从未施工工程尚需的主要材料及构件的价值相当于预付备料款数额时扣起，从每次中间结算工程价款中，按材料及构件比重扣低工程价款，至竣工之前全部扣清。因此确定起扣点是工程预付款起扣的关键。

确定工程预付款起扣点的依据是：未完施工工程所需主要材料和构件的费用，等于工程预付款的数额。

工程预付款起扣点可按下式计算：

T=P-M/N(32-20)式中：

T——起扣点，即预付备料款开始扣回的累计完成工作量金额;

M——预付备料款数额;

N——主要材料，构件所占比重;

P——承包工程价款总额(或建安工作量价值)。

例如：某项工程合同价100万，预付备料款数额为24万，主要材料、构件所占比重60%，问：起扣点为多少万元?

按起扣点计算公式：T=P-M/N=100-24/60%=60万元

则当工程量完成60万元时，本项工程预付款开始起扣。

知识总结：在实际工作中，工程备料款的回扣方法，也可由发包人和承包人通过洽商用合同的形式予以确定，还可针对工程实际情况具体处理。如有些工程工期较短、造价较低，就无需分期扣还;有些工期较长，如跨年度工程，其备料款的占用时间很长，根据需要可以少扣或不扣。在国际工程承包中FIDIC施工合同也对工程预付款回扣作了规定，其方法比较简单，一般当工程进度款累计金额超过合同价格的10%~20%时开始起扣，每月从支付给承包人的工程款内按预付款占合同总价的同一百分比扣回。