建设工程合同纠纷案件的当事人通常为建设工程的发包人和承包人。根据《民事诉讼法》等法律和有关司法解释的规定，人民法院应根据不同的情况来具体确定该类纠纷案件的诉讼主体身份。

工程合同纠纷诉讼主体是如何确定的具体包括以下几种情况：

1、因拖欠工程款引起的纠纷，承包人将承包的建设工程合同转包而由实际施工人起诉承包人的，可不将发包人列为案件的当事人;承包人提出将发包人列为第三人，并对其主张权利而发包人对承包人又负有义务的，可将发包人列为第三人，当事人根据不同的法律关系承担相应的法律责任;如转包经发包人同意，即属合同转让，应直接列发包人为被告。

2、因工程质量引起的纠纷，发包人只起诉承包人，在审理中查明有转包的，应追加实际施工人为共同被告，实际施工人与承包人对工程质量承担连带责任。

3、施工人挂靠其他建筑施工企业，并以被挂靠建筑施工企业名义签订建设工程合同，而被挂靠建筑施工企业不愿起诉的，施工人可作为原告起诉，不必将被挂靠建筑施工企业列为共同原告。

4、施工人挂靠其他建筑施工企业，并以被挂靠建筑施工企业的名义签订建设工程合同而被起诉的，应将施工人和被挂靠建筑施工企业列为共同被告;被挂靠建筑施工企业对施工人因承揽的工程不符合质量标准造成发包人损失的，应承担连带责任。

5、两个以上的承包人联合承包工程，由其中一方与发包人签订建设工程合同而发生纠纷的，其他联合承包工程的施工人应列为共同的原被告。

6、两个以上的法人、其他经济组织或个人合作建设工程，并对合作建设工程享有共同权益的，其中合作一方因与工程的承包人签订建设工程合同而发生纠纷的，其他合作建设方应列为共同原被告。