如果分公司和总公司之间是独立核算的，可以相互开发票，但开发票的时候，要注意按市场公允价格来计算劳务、商品的价值，不能按自己的需要来计算，这交关联交易。如果关联交易与市场交易相差太多，税务机关有权按市场交易来调整。

作废的发票在开票系统里可以查询吗

作废的发票在开票系统里可以查询。新版开票系统不能单独筛选出作废发票，作废发票会同正常发票一起显示，但是作废的发票后会有作废日期的标志。销售商品、提供服务以及从事其他经营活动的单位和个人，对外发生经营业务收取款项，收款方应当向付款方开具发票。销售商品、提供服务以及从事其他经营活动的单位和个人，对外发生经营业务收取款项，收款方应当向付款方开具发票；特殊情况下，由付款方向收款方开具发票。

《中华人民共和国公司法》第十四条公司可以设立分公司。设立分公司，应当向公司登记机关申请登记，领取营业执照。分公司不具有法人资格，其民事责任由公司承担。公司可以设立子公司，子公司具有法人资格，依法独立承担民事责任。